1. 子宫病变。
子宫内部组织的问题也可能导致习惯性流产。子宫肌瘤是习惯性流产的罪魁祸首之一。大多数子宫肌瘤生长在子宫外壁，因此对怀孕的威胁很小。然而，那些生长在子宫内部的肌瘤会占据胚胎发育所需的空间，并干扰胚胎的血液供应。另一个可能影响怀孕的子宫疾病是子宫间隔，它阻止了卵子的正常着床，并阻碍了流向胎盘的血液。
宫颈虚弱也是流产的一个原因，因为宫颈可能由于缺乏力量而无法支撑发育中的胎儿的重量。许多子宫颈薄弱的孕妇在怀孕的前三个月没有任何症状，但在第四至第六个月可能会流产。5大原因导致习惯性流产
2. 免疫系统功能差。
当母亲的免疫系统功能失调时，帮助母亲对抗病毒的药物就会轻微地传染给胎儿，并破坏成长中的婴儿，导致习惯性流产。
3. 染色体变异。
大约70%的习惯性流产是由染色体异常引起的。23对染色体必须成功结合才能形成一个胚胎。在这个复杂的结合过程中，一个小小的错误就会导致严重的基因突变。作为染色体遗传变异的直接结果，胚胎不能存活，流产随之而来。值得注意的是，染色体变异的可能性随着年龄的增长而增加。