根据引起畸形精子的原因，排除不利因素（药物、放射线、高温、酒精等），针对病因给予治疗。对生殖道感染引起的，可给予抗炎治疗；对内分泌异常引起的，给予内分泌功能调整；对精索静脉曲张，应考虑手术治疗。
异常精子超过70%时，应进行染色体检查，如有染色体病，治疗就有困难。
有人对男性不育症患者做精液培养，发现溶脲脲原体阳性，高达85%。当精液中存在支原体时，精子活力下降，精子密度降低，畸形精子增加。多西环素，首剂200毫克，每天100毫克，连续2周，可以恢复生育能力。
中药治疗可采用 “龙珠丸”：由龟苓膏、鹿角胶、附子、紫石英、肉苁蓉、菟丝子、何首乌、丹参、坤草等制成的固体颗粒，装入胶囊，每粒含生药2g，每次4粒，每日3次，30次为一疗程。治疗畸形精子症40例，治愈28例，有效8例，总有效率达90%。此外，本方对少精症的有效率为97%，对弱精症的有效率为99%，对精子成活率低的有效率为95%。50岁能否怀孕 如何恢复生育能力
丈夫和妻子之间的人工授精。用Peierke的密度梯度离心法，可以分离出活力为III级和IV级、形态正常的精子达90%，然后进行人工授精。