婴儿厌食症的原因可能与以下因素有关。
1、全身性疾病，如结核病、胶原蛋白病、贫血和一些慢性感染等。
2、胃肠道变态反应和使用引起恶心、呕吐的药物，如红霉素、氯霉素、磺胺类药物和氨茶碱等也可导致厌食症。
3、胃肠道疾病。如消化性溃疡；急、慢性肝炎；慢性肠炎，各种原因引起的
和慢性便秘是常见原因。
4、缺锌和缺乏某些内分泌，如甲状腺功能减退症等。
5、其他如肝功能不全、高血压、酸中毒、尿毒症、心功能不全、胃肠道淤血等。浅谈6种宝宝缺锌的症状和表现
6、维生素A或维生素D中毒等。
7、情绪变化引起的厌食。喂养时采取不适当的溺爱态度，反而引起小儿厌食症。
8、不良的饮食习惯。高蛋白、高糖饮食使食欲下降；两餐之间随意吃水果、零食、花生、瓜子等零食；且三餐不定时，生活不规律；冷饮和饮料都影响消化液的分泌，进而影响食欲。
据调查，1-7岁的小儿厌食症患儿中，只有17%是由疾病引起的，而83%的患儿是由于食物结构不合理、饮食习惯不好造成的。