从女性外生殖器官的结构来看，阴道口与尿道和肛门相邻，阴道口是女性内生殖器官与外界的开口，这就使得女性生殖器官容易受到外界致病因素的影响。然而，女性生殖道和器官具有发达的解剖学和功能上的自然防御系统，只要有一点病原体侵入，就不会引起妇科感染。这种自然防御系统包括
(1) 女性外阴的大阴唇和小阴唇的两侧相接，像两扇门一样掩盖了阴道和尿道的开口。
(2) 女性骨盆底有许多肌肉组织。在这些盆底肌肉的作用下，阴道口正常情况下是封闭的，阴道前后壁紧贴在一起，从而抵御外界致病因素的侵袭。然而，在月经期妇女中，阴道壁比较松弛，这种功能被削弱。
(3) 妇女卵巢分泌的雌激素可以使阴道上皮细胞增厚，增加对病原体的抵抗力。此外，阴道上皮细胞富含糖原，正常妇女的阴道内生活着一种叫阴道乳杆菌的细菌，它能将这些糖原分解为单糖，再转化为乳酸，使阴道内环境呈酸性，pH值为42-5。适合在碱性环境中生长的病原体因此受到抑制，这就是阴道的自洁作用。
(4）在卵巢分泌的性激素作用下，宫颈粘膜腺体可分泌碱性粘液，形成粘液栓，堵塞宫颈管，与外界环境隔离，减少细菌入侵的可能。有报道称，在宫颈粘液塞的下1/3处可以检测到细菌，而在粘液塞的上2/3处没有检测到细菌。这可能表明，宫颈粘液塞在防止细菌上行感染方面有重要作用。此外，宫颈内口通常处于封闭状态，同样可以防止病原体的入侵。
(5）随着卵巢分泌的性激素的周期性变化，育龄妇女的子宫内膜也会发生周期性剥落，产生月经。随着子宫内膜的剥落和月经血的排出，侵入子宫腔的病原体有机会被清除。
(6) 输卵管粘膜中的一些上皮细胞分化为纤毛细胞，这些纤毛能够向子宫方向摆动，再加上输卵管的蠕动作用，都对清除侵入输卵管的致病菌起到了作用。
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