在去除影响父母本身的因素后，体外受精（IVF：俗称第一代IVF）的后代出生缺陷的风险与自然怀孕的风险相似。
与自然妊娠相比，卵细胞单精子注射（ICS：俗称第二代试管婴儿）新鲜胚胎移植周期的后代出生缺陷风险略微增加，但冷冻胚胎移植周期则没有。然而，考虑到大多数ICSI男性患者都有严重的少精症和畸形精子症，而ICSI精子的 形态学选择后，后代出生缺陷的风险低于传统ICSI，因此无法判断对后代的影响是由于精子问题还是技术本身。
总的来说，目前的科学证据表明，试管婴儿后代的健康状况是正常的，ART技术对后代的生理、心理、行为和青春期发育没有明显的影响，ART后代的重大疾病如肿瘤或其他常见疾病的发生率与自然怀孕没有区别。
如果家庭中配偶一方有遗传性疾病、相关遗传性疾病或染色体疾病的家族史，如罗氏易位、平衡易位、Y染色体微缺失等，可能会遗传给下一代，则需要咨询遗传学家，评估遗传的概率和风险。如果有必要，可以使用PGD/PGS，即植入前遗传学诊断/筛查技术，以筛选出健康的胚胎。
植入前遗传学诊断可以检测各种疾病，包括染色体异常、单基因缺陷或系列疾病。一般人平均携带5-6个遗传性疾病的隐性基因，35岁以上的妇女怀孕时出现染色体异常的概率明显增加。对于家庭来说，如果在怀孕中期就以异常的基因诊断来终止妊娠，可以避免对母亲的身体和家庭的伤害。
总的来说，试管婴儿孕育的孩子不仅不会比自然孕育的孩子健康，而且植入前遗传学诊断技术还可以提高胚胎质量，避免出生缺陷。
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