如果结肠炎是由饮食不当引起的，检查时只发现粘膜水肿和发红，没有其他特殊病变，则不需要特别治疗。
如果孕妇因结肠炎而严重腹泻，甚至脱水或失去营养，应注意补充水和电解质，例如饮用清淡的汤来补充盐和水，以及炖汤来滋养孕妇的胃和肠道。
如果孕妇的结肠炎是由细菌感染引起的，应在医生的建议下使用适当的消炎和抗生素药物治疗。
激素类药物治疗结肠炎也是必要的，但对孕妇和胎儿非常有害，不建议在怀孕八个月之前使用。
患有结肠炎的孕妇也可以用中药治疗，只要用对药，其影响比西药小得多。例如，繁星散与痛经合用，对治疗肝气郁结的慢性脾型结肠炎非常有效。人参和白术散或香砂六君子汤可以治疗脾虚的大肠型湿气。