生豆浆中含有胰蛋白酶抑制剂、皂苷和维生素 A 抑制剂以及大豆香精。这些物质都有各自的抑制作用，例如 胰蛋白酶抑制剂本身是一种蛋白质，它能选择性地与胰蛋白酶结合形成稳定的复合物，从而使胰蛋白酶失活，使蛋白质在水解为氨基酸的过程中受到抑制，阻碍膳食蛋白质的消化、吸收和利用，降低豆浆的营养价值； 皂甙对消化道黏膜有强烈的刺激作用，可引起充血、肿胀和出血性炎症，出现恶心、呕吐、腹泻和腹痛等症状，还可抑制蛋白酶产生甲状腺肿大等毒副作用；而维生素A抑制剂可氧化和破坏胡萝卜素。母婴
此外，生豆浆富含蛋白质、脂肪和糖，是微生物生长的理想条件。因此，豆浆必须煮熟烧透。煮豆浆时，首先要去除豆浆表面会浮起的泡沫，然后保持文火煮沸5分钟左右，使有害物质得到彻底分解和破坏，杀死微生物。
家长们通过充分的浸泡、研磨、过滤和加热，既能充分利用大豆中的蛋白质，又能消除胰蛋白酶抑制剂的不良影响。有时，生豆浆加热到80℃-90℃时，会出现很多白色泡沫，其实这是一种 “假沸 “现象，此时的温度还没有高到破坏豆浆中的皂素物质。煮豆浆的正确方法应该是，在出现 “假沸 “现象时继续加热 3-5 分钟，使泡沫完全消失。但也没有必要为了保险，反复煮几次豆浆，这样虽然除了豆浆中的有害物质外，还会造成营养成分的流失，因此，煮豆浆要恰到好处，还要控制好加热时间。
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