在囊胚培养过程中，试管婴儿医生不能看到胚胎的性别。例如，普通一代试管婴儿和第二代试管婴儿不能看到囊胚的性别。只有通过第三代试管婴儿技术才能知道胚胎是男是女，但不是每个人都能检查出第三代试管婴儿的疑难性别。一般来说，如果有遗传病或特殊情况，我们必须检查胚胎的性别，这主要是出于产前护理的目的，但通常在培养过程中，囊胚的性别是看不到的。
一般来说，在试管移植囊胚培养期间，试管医生根本看不出囊胚男女性别，通常普通一代、二代试管都不能看出囊胚性别，只有做三代试管婴儿，利用胚胎植入前诊断技术才可以知道胚胎是男是女，但并不是所有人都符合三代试管条件，并且根据相关法律规定，禁止非医学性胎儿性别鉴定。
通常培养至第5-6天的囊胚，其性别由受精卵中携带的性染色体遗传基因所决定，目前不孕女性患者做一代、二代试管婴儿，都无法确定精子携带性染色体具体情况，胚胎师在显微镜下观察，也只是胚胎的形态以及发育情况，并从中挑选出质量好可移植的胚胎，并不能看出囊胚性别。目前来说移植囊胚生男孩的概率大概为50%左右，在试管治疗期间女性要保持平常心，不要过于看重胎儿性别。
囊胚活检是胚胎活检中的一项，所谓胚胎活检是指在胚胎的极体期、卵裂期或囊泡期，通过机械、化学或激光方法打开卵透明带,通过挤压或抽吸技术取出一个(或多个)细胞进行检查。
囊胚由两种不同的细胞类型组成，即内细胞团和滋养外胚层。ICM细胞会发育成胎儿，而滋养外胚层细胞则将继续发育成胎盘胚胎侧的胚胎细胞。滋养外胚层活检，就是从囊胚的滋养层中取出一小组细胞进行活体检查。取出的细胞可以用于全面染色体筛选或进行特定的遗传性疾病测试。
囊胚活检增加了胚胎植入前遗传学诊断的成功率，相比卵裂期胚胎活检，囊胚活检所取出的细胞数更多，因此检测准确性更准确，更能够扩张遗传学的检测范围，提高活检力度，增加检测的有效性。
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